Según una investigación del Centro de Innovación Científica Amazónica (CINCIA), entre 2009 y 2017 se destruyeron 64.586 hectáreas de bosques (67,5% del total) que pueden tardar más de un siglo en crecer. Agrega que dentro de las áreas colindantes, La Reserva Nacional Tambopata, el Parque Nacional Bahuaja Sonene y la Reserva Comunal Amarakaeri, también hay graves signos de deforestación.
Según el mismo estudio, la primera causa de degradación del suelo ha sido la minería aurífera. Por otro lado, el río Malinowski también es víctima de la devastación debido a las dragas que agitan los lechos para obtener el oro, ya que sus aguas sufren la descarga de químicos y demás desechos procedentes de la actividad minera.
En otra investigación, el CINCIA reveló que los peces extraídos del área de influencia minera tenían mercurio en sus organismos. Los niveles de concentración, según indica, varían por zona de procedencia del pescado y dependen si son herbívoros, carnívoros u omnívoros. Sin dudas, la actividad aurífera en el Departamento de Madre de Dios es una amenaza no solo para el territorio, sino también para los pueblos indígenas y la salud. Además ha provocado serios conflictos de migración, trata de personas e inseguridad ciudadana.