Los elevados niveles de metal y la acidez de los suelos y el agua terminan siendo también perjudiciales para las plantas y los animales, suponiendo una gran amenaza para la biodiversidad. A la larga, esto puede conllevar a la pérdida o al desplazamiento de las especies.
Las modificaciones de temperatura o del pH, la destrucción de los suelos y de la vegetación pueden afectar a la forma de sustento de muchos animales. Las especies más vulnerables son las endémicas, que se encargan de mantener el equilibrio de los ecosistemas autóctonos. Sin embargo, éstas muchas veces no logran resistir las perturbaciones ocasionadas en sus hábitats.
Ahora bien, el nivel de concentración de las sustancias químicas desprendidas por la minería, así como la extensión de terreno que abarque la actividad minera, junto con la naturaleza de las misma, pueden determinar el grado de afectación en unas u otras especies. Algunas son más resistentes y pueden tolerarlas un poco más, pero otras pueden incluso morir, como es el caso de los animales acuáticos que resultan envenenados al ingerir agua contaminada cargada de sustancias tóxicas.