Pero fue su resistencia contra el proyecto hidroeléctrico Agua Zarca, en la cuenca del río Gualcarque, lo que le costó la vida. Rechazó la construcción de una presa que no solo restringía el acceso al agua a las comunidades locales lencas, sino que amenazaban sus medios de vida y al medio ambiente, y eso bastó para sumar reconocimientos y enemigos inescrupulosos.
La campaña emprendida contra la obra de la empresa hidroeléctrica Desarrollos Energéticos S.A. resistió el hostigamiento militar y policial. Berta organizó a la comunidad lenca, junto a ella llegó hasta la capital para exigir al Congreso Nacional una actuación oportuna contra el proyecto y bloqueó por más de un año las carreteras por las que circularía la maquinaria de DESA. Con esto llegaron las amenazas y las extorsiones, pero su valentía, heredada de su madre, no le permitió desistir. Logró que algunas compañías, entre ellas la estatal china Sinohydro, y bancos internacionales se retirasen del proyecto.
Su lucha pacífica le hizo merecedora del Premio Ambiental Goldman en abril de 2015, pero como era de esperarse esto causó un descontento tremendo en quienes miraban con grandes ansias a Agua Zarca. Pocos meses después se ordenó la ejecución de un crimen atroz para silenciar a Berta y amedrentar a quienes secundaran sus ideas. Una forma muy particular de intimidar a quienes se oponen a proyectos extractivistas o urbanísticos no solo en Honduras, sino en gran parte de América Latina.