Al ser tan pequeñas, su eliminación en los sistemas de filtración de aguas residuales resulta difícil, por no decir imposible. Logran librarse de los procesos de depuración que ejecutan las plantas de tratamiento; y se esparcen de manera indiscriminada en los ríos, mares y océanos. Esto coloca en riesgo a cientos de aves, peces y otras especies marinas.
En el caso de los pequeños invertebrados, como el zooplancton o el fitoplancton, el asunto es grave. Ellos pueden verse mortalmente afectados, pues suelen confundir los productos que contienen estas micropartículas con alimentos, convirtiéndose en receptores de sustancias contaminantes, como pesticidas o bifenilos policlorados.
Estos organismos, por lo general, son consumidos por otros peces, moluscos, aves y mamíferos de mayor tamaño, los cuales almacenan los microplásticos ingeridos en sus sistemas digestivos; afectando sus tejidos, sus funciones vitales y provocándoles la muerte. En consecuencia, disminuyen poblaciones de determinadas especies que sustentan la cadena trófica, lo que causa desajustes en los ecosistemas.