Los PCBs producen muchos efectos nocivos sobre la salud humana y animal. En general los efectos tóxicos están asociados a su acumulación por exposición crónica. Esta contaminación se ha relacionado con la aparición de varios tipos de cáncer (mama, cerebro linfoma) y alteración de los sistemas nervioso, endocrino (hormonal) e inmunológico.
Estas moléculas son disruptores hormonales porque tienen una estructura parecida a la de las hormonas y son capaces de interrumpir su buen funcionamiento. Las hormonas participan en muchas funciones importantes del cuerpo, entre ellas la reproducción, por eso, los PCBs alteran la función reproductiva del humano y de animales.
En animales de laboratorio se ha encontrado un marcado deterioro de la función sexual y reproductiva por el descontrol en la producción de la hormona masculina (testosterona). Esto también afecta la actividad pecuaria porque reduce significativamente el rendimiento de los rebaños. Esta problemática ocasiona pérdidas económicas a los ganaderos, pero lo más preocupante, es la producción de carne y leche contaminadas que se utilizan para elaborar alimentos para el consumo humano.
La exposición de estos COPs en mujeres ocasiona menarquía temprana (primer período menstrual adelantado), aumento en la cantidad y duración del sangrado, endometriosis (inflamación del revestimiento del útero), abortos espontáneos, muerte fetal y niños con bajo peso al nacer. El efecto tóxico y acumulativo de estas sustancias en el lactante puede continuar debido a que pueden ser excretados en la leche materna. Esta situación está vulnerando el derecho que tiene la mujer a gozar de salud reproductiva y producir generaciones sanas.