Aunque sus irregularidades climáticas no son tan abruptas como las del Niño, este episodio también produce alteraciones en las corrientes de los vientos alisios y tiene como particularidad el descenso de las temperaturas en las aguas la zona ecuatorial del océano Pacífico.
La frecuencia de la Niña no está establecida de manera clara, pero los registros históricos hacen pensar que ocurre cada dos a siete años. Las primeras señales de su llegada se manifiestan en que los vientos alisios se hacen más fuertes y se incrementa el agua fría en la zona ecuatorial del Pacífico.
Los efectos de este fenómeno de componente atmosférico y oceánico no son iguales para todas las regiones del planeta. En las costas suramericanas con la llegada de La Niña, la corriente fría de Humboldt, o corriente de Perú como también se le conoce, tiene la posibilidad de desarrollarse mejor, las aguas se llenan de más nutrientes que favorece el incremento de población de las especies pesqueras. Esto representa un gran beneficio para la industria de la pesca y las comunidades locales que viven de esa actividad.
La Niña también propicia que los vientos alisios transporten mayor volumen de agua cálida hacia el Oeste, hacia la región de Oceanía, y es ahí donde se concentra la mayor nubosidad y las precipitaciones son más intensas. Mientras tanto, en el Caribe, los ciclones tropicales cobran fuerza y frecuencia.