De acuerdo con la organización, en el Pantanal hacen vida 656 especies de aves, 159 de mamíferos, 325 especies de peces, 98 de reptiles, 53 de anfibios y más de 3.500 de plantas. Incluso, muchas de las especies que se encuentran amenazadas en otras regiones de Brasil, en el Pantanal abundan, como el pájaro gigante jabirú, conocido también como el tuyuyú.
Aunque está considerado uno de los humedales más importantes del planeta y uno de los menos alterados, los voraces incendios de este año han logrado cambiar esa condición de manera muy significativa.
Por otra parte, la mayor densidad de cocodrilos del mundo se encuentra en el Pantanal, donde se encuentran registrados unos 10 millones de caimanes. El ecosistema del humedal también ostenta el record de la mayor densidad de población de jaguar, el felino más grande de América y el mayor depredador de los caimanes.
También el Pantanal es el hogar del loro más grande del mundo, el guacamayo azul. Cada año, al menos un millón de turistas le reportan importantes ingresos a Brasil por concepto de turismo en la naturaleza, pues el humedal es un sitio privilegiado para el avistamiento de animales salvajes.