Aunque el presidente electo Andrés López Obrador le pedía “permiso a la Madre Tierra” para darle inicio a las obras del Tren Maya en un acto público celebrado en diciembre de 2018, y avalado por la presencia de varios líderes indígenas y políticos nacionales y regionales, la ambiciosa obra que echará 1500 kilómetros de vías férreas sobre el suelo del sureste mexicano es denostada por diversas organizaciones ambientalistas.
Dichas agrupaciones aseguran que la obra no está bien sustentada en cuanto a estudios sobre impactos ambientales, un requisito exigido por la Ley General de Equilibrio Ecológico y la Protección al Ambiente del país azteca.
En diciembre de 2018 un puma fue arrollado en los predios del Parque Nacional Tulum, lo que vino a reforzar el rechazo al proyecto, porque la vía del Tren Maya discurriría en paralelo a la carretera federal. Desde distintas plataformas se está exigiendo que se lleve a cabo un estudio de impacto ambiental bien sustentado, avalado y puesto en práctica.
Por su parte, el Centro Mexicano de Derecho Ambiental (Cemda) asegura que el Tren Maya no es un proyecto amigable con el ambiente. Aducen que si bien el transporte ferroviario ocasiona menos impactos ambientales que el transporte por carretera, en el caso del Tren Maya no aplica tal ventaja porque el tren en proyecto utilizaría corredores viales paralelos a carreteras ampliadas y modificadas.